Tuberculose en Seine-Saint-Denis : incidence et rôle du Centre de lutte antituberculeuse dans les enquêtes autour d’un cas de 2018 à 2023

// Tuberculosis in Seine-Saint-Denis (2018-2023): Incidence and the contribution of the CLAT (Tuberculosis Control Centre) to case investigations

Introduction

L’incidence de la tuberculose a régulièrement baissé en France depuis la fin du 19^e siècle. En 2022, la France était classée dans le groupe des pays à faible incidence selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), avec un taux d’incidence inférieur à 10 pour 100 000 habitants ¹. Toutefois, l’incidence n’est pas homogène sur le territoire français : le département de la Seine-Saint-Denis (SSD), avec un taux d’incidence supérieur à 25 pour 100 000 habitants entre 2013 et 2018, est le plus touché de la France hexagonale ^2,3. Les données de ce territoire, marqué par les inégalités sociales et d’accès aux soins, les flux migratoires, les conditions de vie et de travail difficiles, nous rappelle que la tuberculose demeure une maladie fortement corrélée à la précarité de la population ³.

En SSD, les missions de lutte contre la tuberculose sont déléguées au service de la prévention et des actions sanitaires du Conseil départemental. Ce dernier assure diverses missions de prévention : de la tuberculose en tant que Centre de lutte antituberculeuse (Clat), de lutte contre les infections sexuellement transmissibles en tant que centres gratuits d’information, de dépistage et de diagnostic (CeGIDD), de vaccination publique, ainsi que plusieurs programmes de prévention santé à destination de la population. Le Clat est chargé d’assurer les enquêtes et dépistages autour des cas de tuberculose, pour interrompre les chaînes de transmission et contribuer à la réduction de son incidence ⁴.

La survenue de la pandémie de Covid-19 en 2020 a bouleversé le paysage sanitaire du pays et a eu des répercussions sur le contrôle et la surveillance d’autres maladies infectieuses, dont la tuberculose ^5,6. Une forte baisse des taux de déclaration de tuberculose entre 2020 et 2022 a été observée en France ⁷ et en Île-de-France ⁸, comme dans la plupart des autres pays à haut niveau de revenu ⁹. Au niveau mondial, la pandémie de Covid-19 s’est, à l’inverse, traduite par une augmentation du nombre de cas de tuberculose, notamment dans les pays en développement déjà fortement impactés ^10,11. La SSD a été particulièrement touchée par l’épidémie de Covid-19, présentant une surmortalité par rapport au reste du pays ¹². Les spécificités du territoire ont pu conduire à des évolutions épidémiologiques de la tuberculose différentes du reste du territoire pendant et après la pandémie de Covid-19.

L’objectif de cette étude est de décrire l’évolution des patients atteints de tuberculose et de leur sujets contacts, ainsi que les résultats des enquêtes menées en SSD autour des cas de 2018 à 2023.

Méthode

Type d’étude

Nous avons mené une analyse rétrospective des données du Clat de SSD. La période d’observation était comprise entre le 1^er janvier 2018 et le 31 décembre 2023.

Population étudiée

Notre étude a été conduite chez les personnes habitant en SSD et atteintes de tuberculose maladie (cas index (CI)) ; ou ayant été exposées à un cas de tuberculose maladie (sujet contact (SC)).

Schéma d’étude

Afin de mieux observer l’impact de la pandémie du Covid-19 sur l’activité du Clat de SSD, les données ont été décrites en trois périodes distinctes :

La description de l’activité du Clat de SSD inclut une description de l’incidence de la tuberculose, des caractéristiques sociodémographiques des CI, ainsi que du travail d’enquête réalisé autour de ces CI.

Fonctionnement du Clat et définitions

Les CI sont les personnes atteintes de tuberculose maladie. Les déclarations obligatoires (DO) de tuberculose maladie reçues sont corrigées et complétées au cours du suivi dans le logiciel métier du Clat. Elles permettent de calculer un taux de déclaration en le rapportant à la population du département. Selon la forme de la maladie et les recommandations en vigueur, un protocole d’enquête adapté autour du CI est mis en place. Une durée minimale de contact avec le CI est définie, afin de déterminer si les individus ayant été en contact avec lui dans les trois mois précédant la mise sous traitement doivent être considérés comme sujets contacts. Lorsque ces derniers sont identifiés, ils doivent être dépistés. Le dépistage est organisé par le Clat du lieu de résidence du SC. Ainsi, le Clat de SSD s’occupe du dépistage de SC identifiés autour de CI de SSD, mais aussi d’autres départements.

Le dépistage des SC prévoit une radiographie thoracique et une consultation médicale initiale, suivis 3 mois après le dernier contact avec le CI d’un test de libération de l'interféron gamma (Igra) ⁴. Nous avons considéré un SC comme exploré s’il avait bénéficié d’une consultation médicale et/ou d’un examen de dépistage (radiographie ou test biologique).

En ce qui concerne les résultats d’enquête, l’ensemble du dépistage permet de conclure pour chaque SC soit à l’absence d’infection, soit à une tuberculose maladie secondaire, soit à une infection tuberculeuse latente (ITL). Nous avons calculé le taux de rendement des dépistages, correspondant au nombre de SC ayant un résultat positif pour 100 SC explorés. Ce taux est indiqué pour les ITL et pour les tuberculoses maladies secondaires séparément.

Du côté des infections, nous retrouvons la tuberculose maladie correspondant à une infection causée par Mycobacterium tuberculosis, caractérisée par des symptômes cliniques ou radiologiques et une contagiosité potentielle. La tuberculose maladie est dite secondaire si elle est diagnostiquée au cours d’une enquête autour d’un CI. L’ITL se réfère quant à elle à une infection caractérisée par la présence de Mycobacterium tuberculosis dans l’organisme, sans symptômes cliniques ni radiologiques, non contagieuse, détectable par des tests immunologiques (IDR, Igra) et pouvant évoluer en tuberculose maladie.

Données sources

Les données analysées dans cet article sont issues du logiciel métier du Clat de SSD Suite santé prévention (SSP)^®, et plus précisément du module Damoc (Epiconcept^®). Les caractéristiques sociodémographiques, cliniques et biologiques des CI et des SC ont été extraites. Les visites médicales des patients au Clat de SSD pendant la période de l’étude ont été analysées.

Les taux de déclaration ont été calculés à partir de la population du département au 1^er janvier de l’année concernée à partir des données de l’Institut national de la statistique et des études économiques (Insee).

Analyses statistiques

Les variables numériques ont été décrites en moyenne accompagnée de l’écart-type en cas de distribution normale de la variable, ou en médiane accompagnée de l’intervalle interquartile, si la variable ne suivait pas une distribution normale. Les variables catégorielles ont été décrites en nombre absolu et en pourcentage.

Les comparaisons des effectifs entre les 3 périodes ont été effectuées par des tests du Chi2 d’homogénéité. Le seuil de significativité choisi pour toutes les analyses a été de 5% (p-valeur ≤0,05). Les analyses ont été réalisées avec le logiciel R 4.4.0^®.

Comité d’éthique

L’utilisation des données s’est faite dans le respect du Règlement général sur la protection des données (RGPD) et de la loi informatique et libertés.

Résultats

Au total, 3 454 CI ont été identifiés sur la période de l’étude (figure 1). Parmi eux, 2 470 CI habitaient en SSD et ont été inclus dans l’analyse (tableau 1).

Les taux de déclaration sont restés stables entre 2018 et 2021 (respectivement à 25 cas/100 000 habitants et 26/100 000 habitants), avant de baisser à 21 cas/100 000 habitants en 2022, soit une baisse de 18%. Les taux sont remontés à 26 cas/100 000 habitants en 2023 (figure 2). Les variations du nombre de CI entre les périodes ne sont pas significatives (p=0,291).

Au total, 18 365 SC ont été identifiés sur la période de l’étude (figure 1), dont 14 086 SC relevant du dépistage par le Clat de SSD et inclus dans l’analyse (tableau 2). Le nombre de SC est passé de 6 379 SC pour le T1 à 3 782 SC pour le T2, puis à 3 925 SC pour le T3 (p<0,001).

Caractéristiques sociodémographiques des cas index

Sur l’ensemble de la période de l’étude, l’âge médian des CI était de 36 ans [26-50], avec 71% d’hommes (1 749 CI/2 470). La proportion d’hommes a augmenté entre les trois périodes (p=0,035).

Concernant le statut vis-à-vis de la couverture maladie, 73% des CI étaient couverts (1 502 CI/2 063), 8% bénéficiaient de l’aide médicale de l’État (164/2 063), et 14% n’avaient aucune couverture sociale (280/2 063).

La répartition des CI selon leur type de logement a évolué significativement entre les périodes (p<0,001), avec notamment une diminution des personnes hébergées passant de 22% en T1 (178 CI/823) contre 10% en T2 (83/823), avant de remonter à 21% en T3 (158/770).

Les CI nés à l’étranger représentaient 81% (1 965/2 417) des CI sur l’ensemble de l’étude, avec une augmentation significative entre les périodes (p=0,046) passant de 80% en T1 (658/820) à 84% en T3 (657/781). Parmi les CI nés à l’étranger, 23% étaient arrivés en France depuis moins de 2 ans (423/1 819) et 55% depuis plus de 5 ans (989/1 819), avec une baisse significative des CI arrivés depuis moins de 2 ans (p=0,008). Parmi les CI nés à l’étranger, 44% provenaient d’Afrique subsaharienne (ASS) (855/1 965), 19% du Sous-continent indien (SCI) (376/1 965), et 17% d’Afrique du Nord (337/1 965). Les régions d’origine ont significativement évolué sur la période 2018-2023 (p=0,004) avec une diminution des CI nés en ASS, passant de 48% des CI nés à l’étranger en T1 (317/658), contre 41% en T3 (267/657). Dans le même temps, les CI du SCI ont représenté 15% des CI nés à l’étranger à T1 (97/659), contre 21% à T3 (138/657) (tableau 1).

Caractéristiques sociodémographiques des sujets contacts

Les enquêtes ont permis d’identifier 14 086 SC, avec une proportion de 54% d’hommes (7 322 SC/13 542). La proportion d’hommes a significativement augmenté sur la période étudiée (p=0,004). L’âge médian des SC était de 27 ans [17-42].

Le type de contact CI-SC le plus fréquent était « vivant sous le même toit » pour 27% des cas (3 747 SC/13 828), suivi de « contact scolaire ou universitaire » pour 24% (3 284/13 828). La répartition des types de contact a évolué sur la période, avec notamment une baisse du « contact scolaire ou universitaire » durant le T2 (p<0,001) (tableau 2).

Résultats des enquêtes

Parmi les SC identifiés comme relevant du dépistage par le Clat de SSD, 80% ont effectivement été dépistés (11 215 SC/14 086), avec un taux d’exploration de 83% lors du T2 (3 150/3 782), significativement supérieur à celui du T1 avec 80% (5 084/6 379) et du T3 avec 76% (2 981/3 925). Les caractéristiques associées à un meilleur taux d’exploration sont le sexe féminin et un âge plus élevé. Certains types de contact sont significativement mieux explorés sur l’ensemble des périodes (crèche, hébergement collectif), et d’autres, à l’inverse, présentent des taux d’exploration significativement plus faibles (milieu de soins, contacts scolaires).

Ces dépistages ont permis de retrouver 1 423 ITL et 125 tuberculoses maladie secondaires (figure 1). Cela représente un rendement de 13 ITL pour 100 dépistages et 1 tuberculose secondaire pour 100 dépistages. Entre 2018 et 2023, 75% des ITL ont été mises sous traitement (1 067 ITL/1 423). Globalement de façon attendue, les CI ayant donné des tuberculoses secondaires avaient plus souvent de la toux (85% versus 65%), un examen direct positif (69% vs 36%), une ou plusieurs cavernes (22% vs 9%). Ils sont également significativement plus jeunes, et plus fréquemment nés en France par rapport à ceux n’ayant pas donné de cas secondaires.

Discussion

Évolution épidémiologique

En Seine-Saint-Denis, le nombre de cas de tuberculose est resté stable pendant la période 2020-2021, avant de baisser en 2022-2023. Cette stabilité pendant la pandémie de Covid-19 est à mettre en regard avec les baisses constatées au niveau national ¹³ et décrites par d’autres Clat ¹⁴. Une réduction marquée de la taille des enquêtes autour des cas a cependant bien été observée à partir de 2020-2021. Cette réduction est en partie provoquée par la diminution des SC provenant d’autres départements, où le nombre de CI avait également diminué. Elle s’explique aussi par la diminution du nombre de SC identifiés autour de chaque CI résidant en SSD, conséquence logique des mesures de confinements et de restriction des déplacements liées à la pandémie de Covid-19.

Caractéristiques sociodémographiques des cas index

De 2018 à 2023, les personnes nées à l’étranger représentaient 80% des CI de Seine-Saint-Denis en tenant compte des données manquantes. Ce taux est plus élevé que les derniers taux régionaux (71% en 2023 ⁸), et nationaux (72% en 2022 ¹³). Nous avons mis en évidence des évolutions significatives des pays de naissance des CI, avec notamment une diminution du nombre de CI d’ASS. L’augmentation des CI nés dans le SCI durant le T2 a contribué à la stabilité du nombre de cas sur cette période. Ces évolutions, en lien avec les dynamiques migratoires, en appellent à une adaptation des actions de prévention et de dépistage aux spécificités linguistiques et culturelles de ces populations. Par exemple, les brochures d’information sur le Clat ont été traduits en plusieurs langues pour s’adapter aux besoins des patients malades de tuberculose. Par ailleurs, si la plupart des CI nés à l’étranger vivaient en France depuis plusieurs années, seuls 21% étaient arrivés depuis moins de deux ans en France au cours des périodes 2020-2021 et 2022-2023. Ce taux est inférieur à celui observé dans le département avant la pandémie (26% en 2018-2019) mais aussi à celui mesuré en Île-de-France (24% en 2023) ⁸. Or, ce délai de deux ans est celui retenu dans les recommandations de dépistage de la tuberculose maladie en se basant sur la forte incidence dans cette population au niveau national ¹⁵. Comme détaillé dans cet avis de la Haute Autorité de santé, d’autres éléments sont à prendre en compte pour la pertinence d’un dépistage, comme les conditions de logement, la promiscuité et la précarité, particulièrement en Seine-Saint-Denis.

Les données sur le logement et la couverture sociale des cas de tuberculose de SSD nous rappellent que ces patients vivent souvent dans des contextes de précarité sociale. La précarité est en lien direct avec l’épidémiologie de la tuberculose en France ¹⁶. Elle constitue un frein majeur à l’accès aux soins, à l’observance du traitement et au respect de l’isolement ¹⁷. Elle peut également être un frein à la bonne conduite des enquêtes du Clat : les personnes concernées craignant parfois de perdre leur emploi (en particulier lorsqu’il s’agit d’un travail non déclaré) ou leur logement (notamment lorsqu’elles sont hébergées). De la même manière, les SC en milieu professionnel travaillant de façon non déclarée ne sont pas identifiés par les services de médecine du travail et ne sont donc, pour la plupart, ni dépistés, ni traités.

Caractéristiques sociodémographiques des sujets contacts

Les caractéristiques des types de contacts entre CI et SC ont également évolué. Ainsi, le nombre de SC en milieu scolaire a nettement diminué, tandis que celui des SC vivant sous le même toit est resté stable. Sur la période 2022-2023, les lieux de contact des SC ont retrouvé des caractéristiques proches de celles de l’ère pré-pandémique, bien que leur nombre global reste inférieur. Des difficultés dans les ressources humaines de l’un de nos centres durant cette période ont pu contribuer à ce résultat. Cela pourrait également traduire une persistance de la réduction des interactions sociales pendant ces deux années, même après la fin des confinements ¹⁸.

Résultats des enquêtes

Le rendement diagnostic des ITL lors des enquêtes est de 13 ITL pour 100 SC explorés (mais n’ayant pas tous subi des tests Igra). Ce résultat est comparable au taux de positivité des tests Igra à Paris de 16% en 2016 ¹⁹. La prévalence des ITL dans la population de SSD n’a jamais été évaluée et est probablement plus élevée que le reste de la France hexagonale.

Les diagnostics de TM secondaires restent relativement rares, avec un rendement dans les enquêtes d’une tuberculose pour 100 dépistages réalisés. Ces diagnostics secondaires sont cependant régulièrement retrouvés autour des mêmes CI. Ainsi, 15 enquêtes ont conduit au dépistage de 2 TM secondaires, 3 enquêtes ont retrouvé 3 TM secondaires, et 1 enquête a permis de dépister 5 TM secondaires.

Forces et limites de l’étude

Cette étude offre une description détaillée des caractéristiques des CI, ainsi que du travail d’enquête et de dépistage réalisé par le Clat. Elle permet d’apporter des informations moins documentées, comme les conditions de logement ou la couverture sociale des CI et de décrire les SC identifiés lors des enquêtes. Cette étude comporte cependant des limites : la première porte sur la qualité des données issues d’une utilisation en vie réelle pouvant parfois contenir des informations manquantes ou erronées. Toutefois, un contrôle qualité réalisé par les équipes du Clat sur les dossiers des CI garantit une bonne fiabilité sur la plupart des variables. En revanche, certaines données, comme celles relatives aux conditions de logement ou de couverture sociale, ont été soumises à des évolutions dans les pratiques de saisie, que nous avons prises en compte dans l’analyse pour limiter leur impact. Pour les résultats des dépistages des SC, ils ont été consolidés en croisant les informations des consultations, avec les prescriptions d’examen et de médicaments afin de pallier cette limite. Deuxièmement, la segmentation en trois périodes ne correspond pas exactement au calendrier de la pandémie du Covid-19. Cette organisation permet néanmoins de comparer avec les données publiées par d’autres Clat ¹⁴.

Perspectives

Ces résultats soulignent la nécessité d’une adaptation permanente des pratiques de dépistage en Seine-Saint-Denis. Le Clat poursuit le développement d’actions « d’aller vers », ajustées en fonction des besoins repérés (par exemple dans les structures de premier recours, comme la Cellule d’accompagnement des mineurs non accompagnés – Camna – ou le Centre d’accueil, de soins et d’orientation – Caso –), et renforce progressivement ses collaborations avec les hôpitaux, notamment via la formation des externes à la tuberculose. Une nouvelle fiche de signalement (document nominatif, rempli par le clinicien ou le biologiste permettant de lancer l’enquête autour du CI) a été conçue pour mieux identifier les situations complexes et adapter la conduite des enquêtes. Au-delà de l’approche médicale, l’intégration du volet social, grâce aux assistants et assistantes sociales et aux médiateurs, constitue un levier majeur pour améliorer l’accès aux soins et l’observance. Enfin, un travail est engagé sur l’harmonisation des pratiques au sein des centres, afin d’accroître l’efficience et la pertinence de l’action de lutte antituberculeuse dans le département.

Conclusion

Le département de la Seine-Saint-Denis demeure un territoire avec un nombre élevé de cas de tuberculose entre 2018 et 2023, contrairement au reste du territoire français. L’activité de lutte antituberculeuse a été marquée par une réduction de la taille des enquêtes pendant la période du Covid-19. Enfin, les problématiques sociales demeurent particulièrement présentes chez les patients atteints de tuberculose en Seine-Saint-Denis et nous invitent à privilégier les approches globales de prise en soins, autant médicales que sociales et économiques.

Liens d’intérêt

Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêt au regard du contenu de l’article.

Références

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