Première vague épidémique de SARS-CoV-2
en Nouvelle-Aquitaine : facteurs associés à la gravité, à l’anosmie et/ou l’agueusie et à la transmission intra-foyer, mars-avril 2020

// First epidemic wave of SARS-CoV-2 in Nouvelle-Aquitaine, France: Factors associated with severity, anosmia or ageusia, and household transmission,
March-April 2020

Gaëlle Gault1 (gaelle.gault@santepubliquefrance.fr), Sullivan Evain1, Alice Herteau1, Anna Siguier1, Pascal Vilain1, Karine Trouvain2, Laurent Filleul1, Christine Castor1
1 Santé publique France – Nouvelle-Aquitaine, Bordeaux
2 Agence régionale de santé Nouvelle-Aquitaine, Bordeaux
Soumis le 30.09.2022 // Date of submission: 09.30.2022
Mots clés : Covid-19 | Anosmie | Agueusie | Taux de transmission secondaire | Facteurs de risque | Hospitalisation
Keywords: COVID-19 | Anosmia | Ageusia | Secondary transmission rate | Risk factors | Hospitalization

Résumé

Contexte –

L’enquête Score 19 a été menée en Nouvelle-Aquitaine auprès des foyers familiaux touchés par la Covid-19 entre mars et avril 2020 lors de la première vague épidémique. Le second volet de cette enquête avait pour objectifs de (i) décrire les caractéristiques cliniques des cas de Covid-19, (ii) identifier les facteurs associés à une hospitalisation, à une admission en soins critiques, à la survenue d’une anosmie et/ou d’une agueusie et (iii) évaluer les facteurs ayant pu favoriser la transmission du SARS-CoV-2 au sein des foyers.

Matériel et méthode –

Une étude transversale a été menée par entretiens téléphoniques auprès des personnes ayant eu un prélèvement positif pour la recherche de SARS-CoV-2 entre le 1er mars et le 30 avril 2020 et de l’ensemble des membres de leur foyer, qu’ils aient présenté ou non des symptômes. Les caractéristiques cliniques des cas de Covid-19 ont été décrites. Les rapports de prévalences des facteurs associés à une hospitalisation, une admission en soins critiques et la déclaration d’une anosmie et/ou agueusie ont été estimés par des modèles de régression de Poisson. Pour évaluer la transmission intra-foyer, les taux d’attaque secondaires (TAS) ont été calculés pour les foyers de 3 à 5 personnes. Les facteurs indépendamment associés au TAS ont été étudiés à partir de modèles de régression ordinale.

Résultats –

Au total, 940 foyers et 2 536 individus ont été inclus dans l’étude, soit un taux de participation de près de 40%. Parmi les individus, 68,3% correspondaient à des cas de Covid-19, dont 63,5% étaient confirmés biologiquement. Près de la moitié des cas avaient présenté une anosmie et/ou une agueusie. La prévalence de l’anosmie/agueusie était plus importante chez les 15-44 ans (avec une tendance à diminuer avec l’âge), chez les femmes et les personnes ayant présenté des signes digestifs. Les hommes, les personnes âgées de 65-74 ans, les cas ayant présenté des signes de dégradation de l’état général et ceux souffrant de comorbidités étaient plus à risque d’être hospitalisés en service de soins critiques. Le taux d’attaque secondaire dans les foyers de 3 à 5 individus était de 32,3%. La transmission secondaire dans les foyers augmentait lorsque le cas index avait présenté des signes digestifs ou respiratoires pendant son infection et lorsque les mesures barrières avaient été moins respectées par les cas.

Conclusion –

Si ces résultats présentent certaines limites liées à ce type d’étude et à sa période de réalisation (première vague épidémique, confinement, disponibilité limitée des tests), l’enquête a permis de confirmer des connaissances acquises depuis et d’apporter de nouveaux éléments notamment sur les facteurs de risque de transmission au sein des foyers.

Abstract

Background –

 The survey Score 19 was conducted in Nouvelle-Aquitaine (France) among households concerned by infection with COVID-19 during the first epidemic wave (March to April 2020). In this secondary analysis, we aimed: (i) to describe the clinical characteristics of COVID-19 cases; (ii) to identify the factors associated with hospitalization, admission to critical care unit, and anosmia and/or ageusia and (iii) to identify the factors that favored transmission of SARS-CoV-2 within households.

Method –

A cross-sectional study was conducted by telephone among people with a laboratory-confirmed diagnosis of SARS-CoV-2 infection between March 1 and April 30, 2020, as well as their household contacts, whether they presented symptoms or not. Clinical characteristics of cases were described. Using Poisson regression models, prevalence ratios were estimated for factors associated with hospitalization, admission to critical care units, and onset of anosmia and/or ageusia. Secondary attack rates were calculated for households of 3 to 5 people to assess household transmission. The factors independently associated with these rates were investigated using ordinal regression models.

Results –

940 households and 2,536 people were included for analysis, with a participation rate close to 40%. Among them, 68.3% were affected by COVID-19, of which 63.5% were biologically confirmed. Almost half of these cases experienced anosmia and/or ageusia with a higher prevalence among individuals aged 15-44 years (tending to decrease with age), women, and people with digestive symptoms. Men, people aged 65-74 years, and people showing signs of a generally deteriorated condition or with comorbidities had a higher risk of admission to a critical care unit. The secondary attack rate within households of 3 to 5 persons was 32.3%. Secondary transmission increased when the index cases of COVID-19 had declared respiratory or digestive symptoms and when cases had declared lower compliance with preventive measures.

Conclusion –

Although our results present certain limitations related to the study design and the period (first epidemic wave, lockdown, limited availability of biological tests), they confirm scientific knowledge acquired since and provide new information, notably concerning the factors that favor transmission within households.

Contexte et justification

Bien que le premier cas de Covid-19 survenu en Europe ait été identifié en Gironde le 24 janvier 2020 1, la Nouvelle-Aquitaine (NA) a été une des régions françaises les moins impactées au cours de la première vague épidémique 2. Dans la région, au cours de cette première vague épidémique survenue entre mars et mi-mai 2020 avec un pic fin mars 3, un contact-tracing de chaque cas a été mis en place par la cellule régionale de Santé publique France NA (CR NA) et l’Agence régionale de santé NA (ARS NA).

Dans ce cadre, l’étude Score 19 (Parcours de santé Covid-19 et taux de reproduction) a été mise en place par l’ARS NA et la CR NA auprès des familles touchées par la Covid-19 au cours de cette première vague. Elle avait différents objectifs répartis en deux volets :

volet 1 : décrire les caractéristiques sociodémographiques des personnes infectées, leur recours aux soins dans ce contexte particulier de pandémie et de confinement, le respect des mesures barrières préconisées et les mesures de contrôle mises en place par l’ARS NA ;

volet 2 : (i) décrire les caractéristiques cliniques des cas, (ii) identifier les facteurs associés à une hospitalisation, à une admission en soins critiques et à la survenue d’une anosmie et/ou agueusie, (iii) identifier les facteurs ayant favorisé la transmission du virus au sein des foyers.

Dans cet article, seuls les résultats portant sur le volet 2 sont présentés. Les résultats portant sur le premier volet ont déjà donné lieu à une publication 4.

Matériel et méthode

Schéma et population d’étude

Score 19 est une étude transversale menée auprès des personnes résidant en NA ayant eu un prélèvement positif pour la recherche de SARS-CoV-2 entre le 1er mars et le 30 avril 2020, ainsi que de l’ensemble des membres de leur foyer, qu’ils aient ou non présenté des symptômes.

Lors de la première vague épidémique de Covid-19 au printemps 2020, soit avant le développement des outils permettant le suivi des indicateurs épidémiologiques de la Covid-19 (SI-DEP et Contact-Covid notamment), une base de données régionale des personnes résidentes en NA ayant été infectées par la Covid-19 a été constituée pour le suivi et le contact-tracing par l’ARS NA et la CR NA. Cette base a été élaborée à partir de la transmission quotidienne de données sur les personnes ayant eu un prélèvement RT-PCR positif au SARS-CoV-2 diagnostiqué par les laboratoires publics et privés de la région.

Modalités d’enquête

À partir de cette base, les personnes infectées par la Covid-19 ont été appelées par des étudiants en médecine du 15 juin au 10 juillet 2020 afin de leur proposer de participer à l’étude. Lors de l’appel, il était demandé d’interroger l’ensemble des membres composant le foyer, permettant ainsi d’inclure le foyer dans l’étude. Les personnes vivant en collectivité (Établissement d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad), foyer d’accueil médicalisé, accueil de migrants, etc.) n’ont pas été retenues dans l’étude. Les critères d’inclusion et d’exclusion sont détaillés dans la précédente publication portant sur le premier volet de l’étude 4.

Le questionnaire d’enquête était composé de trois volets : un volet commun sur les caractéristiques du foyer (type d’habitat, composition du foyer, contact par l’ARS) et des volets individuels pour les adultes d’une part et les enfants de moins de 18 ans d’autre part (données sociodémographiques, signes cliniques, prise en charge médicale, confirmation biologique, facteurs de risque, respect des mesures barrières).

Définition de cas

Les personnes incluses dans l’étude comprenaient des non malades, et des cas de Covid-19 (confirmés, probables, possibles) (encadré 1).

Les signes cliniques évocateurs de la Covid-19 considérés dans les définitions étaient ceux rapportés dans l’avis du Haut Conseil de la santé publique relatif aux signes cliniques d’orientation diagnostique du Covid-19 d’avril 2020, et la définition de cas proposée par Santé publique France en mai 2020 5,6.

Encadré 1 :
Définition de cas, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine, mars-avril 2020

Les cas ont été définis comme une personne présentant depuis le 1er février 2020 :

Cas confirmé : un résultat positif par RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) pour la recherche de SARS-CoV-2 avec présence ou non de signes évocateurs de la Covid-19* ;

Cas probable : une agueusie ou une anosmie isolée, ou au moins deux signes évocateurs de la Covid-19* (avec ou sans scanner pulmonaire évocateur), en l’absence de confirmation biologique, et appartenant à un foyer au sein duquel un cas a été confirmé par RT-PCR ;

Cas possible : un seul signe clinique évocateur de la Covid-19* et appartenant à un foyer au sein duquel un cas a été confirmé par RT-PCR.

* Liste des signes cliniques évocateurs de la Covid-19 : fièvre (ou sensation de fièvre), toux, difficultés respiratoires (essoufflement, sensation d’oppression dans la poitrine), maux de tête en dehors d’une pathologie migraineuse connue, courbatures/douleurs musculaires inexpliquées, diarrhée, douleurs au ventre, maux de gorge, rhinite, asthénie inexpliquée. Chez les personnes âgées de 80 ans et plus, ont été ajoutés : l’altération de l’état général, les chutes répétées, l’apparition ou l’aggravation de troubles cognitifs et le syndrome confusionnel.

Analyses statistiques

Une analyse descriptive des cas a été réalisée afin d’estimer les prévalences des symptômes déclarés, des comorbidités et du recours à une hospitalisation selon la classification des cas (possibles, probables et confirmés). Des analyses multivariées ont été conduites à l’aide de modèles de régression de Poisson avec variance robuste, afin d’estimer les rapports de prévalences des facteurs associés à une hospitalisation, à une admission en service de soins critiques, à la survenue d’une anosmie et/ou d’une agueusie chez les cas confirmés et probables 7. La sélection des facteurs a été réalisée à partir d’un modèle univarié avec une p-value inférieure à 0,2 selon une approche pas à pas descendante. Seules les variables avec une p-value inférieure à 0,05 ont été conservées dans le modèle final.

Pour la transmission intra-foyer, nous avons étudié la relation entre le taux d’attaque secondaire (TAS) dans les foyers de 3 à 5 individus et les caractéristiques des foyers (composition du foyer, typologie de l’habitat), les caractéristiques du cas index et les mesures barrières mises en place par le cas index. Un cas index a été défini pour chaque foyer à partir de la date de début des signes. Dans un même foyer, lorsque plusieurs cas avaient la même date de début des signes, le cas index retenu était celui ayant une confirmation biologique.

Le TAS a été défini en rapportant le nombre de cas (confirmé, probable, possible) au nombre de personnes composant le foyer (à l’exception du cas index). Ce taux a été catégorisé en trois classes (aucune transmission dans le foyer, TAS≤50%, TAS>50%). Des modèles de régression logistique ordinale ont été utilisés pour étudier les facteurs associés au TAS. Les variables avec une p-value inférieure à 0,2 dans l’analyse univariée ont été incluses dans l’analyse multivariée, selon une approche pas à pas descendante. Seules les variables avec une p-value inférieure à 0,05 ont été conservées dans le modèle final. Les analyses statistiques ont été réalisées sous Stata 14®.

Confidentialité des données

Cette étude est menée conformément aux dispositions de l’autorisation n° 341194V42 délivrée le 16 mai 2011 par la Commission nationale informatique et des libertés (CNIL) pour les traitements de données à caractère personnel mis en œuvre dans le cadre d’investigations urgentes par Santé publique France.

Résultats

Parmi les 2 395 foyers comprenant au moins une personne infectée par la Covid-19 répondant aux critères d’inclusion, 940 foyers (39,2%) ont été inclus dans l’étude Score 19, soit 2 536 individus. Sur les 2 492 personnes pour lesquelles l’information était renseignée, 1 703 (68,3%) cas de Covid-19 dont 1 082 cas confirmés (63,5%), 499 cas probables (29,3%) et 122 cas possibles (7,2%) ont été identifiés (figure 1). Les cas étaient majoritairement des femmes (56,7%) et des personnes âgées de 15 à 44 ans (43,4%), et un tiers des cas étaient des soignants (33,6%). Les cas confirmés étaient en moyenne plus âgés que les cas probables et possibles (46,7 ans vs 34,3 et 26,3 ; p<0,001). Le nombre d’individus dans les foyers variait de 1 à 12 avec un nombre médian de 2. Les foyers de 3 à 5 individus représentaient 43,2% des foyers (n=406) et 60,0% (n=1 520) des individus inclus dans l’étude.

Figure 1 : Diagramme de flux de la population d’étude, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine, mars-avril 2020
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Description des cas : symptômes cliniques déclarés par les répondants, présence de comorbidités et recours à une hospitalisation

Parmi l’ensemble des cas (n=1 703), les symptômes les plus souvent déclarés étaient l’asthénie (73,3%), la fièvre ou sensation de fièvre (60,5%), les céphalées (53,7%) et la toux (52,5%) (tableau 1). En revanche, l’asthénie était peu déclarée par les cas possibles (9,9%). Une anosmie et/ou une agueusie ont été déclarées par près de la moitié des cas (respectivement 50,4% et 48,5%). Parmi les 324 cas ayant déclaré d’autres symptômes, 57 ont évoqué des problèmes cutanés (3,3%), 37 la survenue de nausées et/ou vomissements (2,2%), 35 des problèmes cardiaques sans gravité, majoritairement des tachycardies (2,0%), 29 des malaises ou des vertiges (1,7%) et 28 des problèmes oculaires de type irritations principalement, de conjonctivites ou de troubles de la vision (1,6%).

Tableau 1 : Prévalences des caractéristiques cliniques, antécédents médicaux et recours à une hospitalisation chez les cas de Covid-19 selon la définition de cas, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine, mars-avril 2020
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Chez les cas confirmés (n=1 082), 4,6% étaient asymptomatiques (n=50). La proportion d’asymptomatiques n’était significativement pas différente entre les hommes et les femmes (4,2% vs 4,9%, p=0,6). En revanche, cette proportion était significativement plus élevée chez les moins de 15 ans (30,0% vs moins de 6% dans les autres tranches d’âge, p=0,001).

Parmi l’ensemble des cas, plus de 40% présentaient un surpoids déclaré et/ou estimé par le calcul de l’indice de masse corporelle (IMC≥25) et 11% étaient fumeurs. Environ un tiers (33,4%) présentait au moins une comorbidité, dont les plus fréquentes étaient l’obésité (IMC≥30) (13,5%) et l’hypertension artérielle (12,1%). La présence d’au moins une comorbidité s’élevait à environ 40,3% chez les cas confirmés.

Parmi l’ensemble des cas pour lesquels l’information était disponible (n=1 623), 14,2% ont été hospitalisés (n=230). Parmi les cas confirmés, ce taux d’hospitalisation s’élevait à 21,5%. Chez les personnes hospitalisées, la durée médiane d’hospitalisation était de 7 jours (min : 1 jour, max : 80 jours, moyenne : 13 jours) et parmi elles, près d’un tiers (n=72) a été admis dans un service de soins critiques.

Facteurs associés à une hospitalisation et à une admission en soins critiques chez les cas confirmés et probables (n=1 581)

Dans l’analyse univariée, le risque d’hospitalisation chez les cas de Covid-19 était significativement associé au sexe masculin, à l’augmentation de l’âge, au surpoids, au fait de souffrir d’une comorbidité, à la présence de signes respiratoires, digestifs ou de dégradation de l’état général (chute, confusion, décompensation d’une pathologie existante) pendant la maladie (tableau 2). Au niveau des comorbidités, le fait de souffrir de diabète présentait le plus fort risque d’être hospitalisé (rapport de prévalences (RP)=4,0). Le fait d’être fumeur de tabac était un facteur protecteur d’hospitalisation. Dans le modèle final d’analyse multivariée, le risque d’être hospitalisé était associé à l’âge, les 75 et plus ayant 5,6 fois plus de risque que les moins de 15 ans ; au sexe, les hommes ayant 1,8 fois plus de risque que les femmes ; à la présence de signes cliniques de dégradation de l’état général ou de signes respiratoires (risque près de 2 fois plus important), ainsi qu’au fait d’avoir une comorbidité et de présenter des signes digestifs (tableau 2).

Tableau 2 : Facteurs associés à une hospitalisation chez les cas confirmés et probables de Covid-19, analyses univariée et multivariée à partir de modèles de Poisson, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine,
mars-avril 2020
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D’après l’analyse multivariée, les mêmes facteurs étaient associés au risque d’être admis en service de soins critiques, excepté la présence de signes respiratoires et digestifs (tableau 3). Ainsi, les personnes âgées de 65-74 ans présentaient 14 fois plus de risque que les 15-44 ans. En outre, les hommes avaient près de 4 fois plus de risque que les femmes d’être admis en service de soins critiques. Enfin, les personnes ayant présenté des signes cliniques de dégradation de l’état général ou une comorbidité présentaient un risque plus important que les autres cas (respectivement 2,5 et 1,7).

Tableau 3 : Facteurs associés à une admission en service de soins critiques chez les cas confirmés
et probables de Covid-19, analyses univariée et multivariée à partir de modèles de Poisson, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine, mars-avril 2020
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Facteurs associés à la survenue d’une anosmie et/ou d’une agueusie
chez les cas confirmés et probables (n=1 581)

La survenue d’une anosmie était associée à celle d’une agueusie (p<0,001). Le fait d’avoir eu d’autres cas dans le foyer ayant également présenté une agueusie et/ou une anosmie n’était pas un facteur de risque.

Dans le modèle final d’analyse multivariée, l’âge était associé au risque d’avoir eu une anosmie et/ou une agueusie. Ainsi, les 15-44 ans avaient près de 5,5 fois plus de risque que les moins de 15 ans, ce risque diminuant avec l’âge (tableau 4). De plus, les femmes avaient 1,3 fois plus de risque que les hommes de présenter une anosmie et/ou agueusie. Les personnes ayant également présenté des signes respiratoires ou digestifs lors de l’infection à Covid-19 étaient plus à risque (RP=1,2).

Tableau 4 : Facteurs associés à la déclaration d’une anosmie et/ou d’une agueusie chez les cas confirmés et probables de Covid-19, analyses univariée et multivariée à partir de modèles de Poisson, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine, mars-avril 2020
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Description du taux d’attaque secondaire et des facteurs associés à la transmission du SARS-CoV-2 dans les foyers de 3 à 5 individus (N=406 foyers ; n=1 520 individus)

Parmi les foyers composés de 3 à 5 individus, le TAS moyen était de 32,3%. Aucune transmission secondaire n’a été rapportée dans près d’un tiers de ces foyers (32,8%). Une transmission secondaire du virus auprès de la moitié ou moins des membres du foyer a été rapportée dans 39,4% des foyers, et une transmission à plus de la moitié des membres du foyer a été rapportée dans 27,8% des foyers.

Dans l’analyse univariée, la transmission secondaire dans les foyers était significativement associée aux caractéristiques suivantes du cas index : l’âge avec une transmission plus fréquente lorsque le cas index était âgé de moins de 18 ans (odds ratio (OR)=6,1), la profession avec une transmission moins fréquente chez les soignants (OR=0,6), et une transmission plus fréquente lorsque le cas index présentait des signes digestifs (OR=2,0) ou respiratoires (OR=1,7) (tableau 5). La mise en place des mesures barrières par le cas index dans le foyer (masque à la maison, lavage des mains, isolement, distance avec les autres membres du foyer) était également associée avec la diminution de la transmission intra-foyer.

Dans le modèle final de régression ordinale, seule la présence de signes digestifs ou respiratoires du cas index du foyer, l’isolement et le respect des mesures de distanciation du cas index ont été retrouvés comme facteurs associés à la transmission du virus du SARS-CoV-2 intra-foyer (tableau 5). La transmission secondaire dans le foyer augmentait ainsi significativement lorsque le cas index présentait des signes digestifs ou respiratoires avec une augmentation plus importante lorsque le cas index présentait des signes digestifs (OR=2,3). L’isolement du cas index (OR=0,1) et le respect des mesures de distanciation (OR=0,5) au sein du foyer étaient des facteurs limitant significativement la transmission secondaire.

Aucune caractéristique sociodémographique du cas index ou en lien avec l’habitat n’était associée à la transmission du SARS-CoV-2 dans le foyer.

Tableau 5 : Facteurs associés à la transmission du SARS-CoV-2 dans les foyers de 3 à 5 individus, analyses univariée et multivariée par régression logistique ordinale, étude Score 19, Nouvelle-Aquitaine,
mars-avril 2020
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Discussion

Les résultats de ce deuxième volet de l’étude Score 19, qui s’est déroulée lors de la première vague épidémique de Covid-19 début 2020, nous ont permis de conforter certaines caractéristiques, depuis connues de la maladie Covid-19, mais également d’apporter de nouveaux éléments au niveau notamment de la clinique, des facteurs de risque d’hospitalisation ou de transmission au sein des foyers.

Néanmoins, cette enquête a pu souffrir d’un certain nombre de biais propres à ce type d’étude. Le fait que l’entretien ait été mené par téléphone près de trois mois après le pic épidémique de la première vague a pu entrainer des biais de mémorisation et prévarication. De plus, seulement 39% des foyers initialement identifiés ont finalement pu être interrogés, ce qui limite les possibilités d’extrapolation des résultats étant donné que les répondants ont pu avoir des caractéristiques et des comportements différents de ceux des non-répondants. Les cas répondants à l’enquête étaient en effet moins âgés que les non-répondants. De plus, à cette période de l’épidémie, les tests RT-PCR pour l’infection à SARS-CoV-2 n’étaient pas encore largement utilisés, puisqu’ils étaient principalement réservés aux personnels soignants et/ou aux patients présentant des signes de gravité. Les tests étaient aussi plus fréquemment proposés aux patients les plus âgés, comme l’indiquent les résultats de notre étude avec des cas confirmés plus âgés en moyenne que les cas probables ou possibles. Cette étude, portant sur des cas confirmés ainsi que sur l’ensemble des autres cas (probables et possibles) vivant dans leur foyer, confirme la sous-estimation de l’ampleur de la première vague épidémique basée sur les seuls cas confirmés biologiquement 8. En effet, parmi les personnes incluses dans notre étude, 24,5% (n=621) étaient des cas probables ou possibles, soit des personnes qui ont présenté une symptomatologie compatible avec l’infection au SARS-CoV-2, mais qui n’ont pas pu bénéficier d’un prélèvement biologique. Il est possible que certains de ces cas n’aient pas réellement été infectés, et que leurs symptômes soient liés à une autre cause. Cependant, à l’inverse, d’autres personnes non identifiées comme un cas probable ou possible du fait de l’absence de symptômes ont pu être des cas asymptomatiques de SARS-CoV-2, particulièrement les enfants de moins de 15 ans pour lesquels nous retrouvons une proportion d’asymptomatiques importante chez les cas confirmés (30%).

Au cours de la première vague de 2020, les cas de Covid-19 dans cette étude ont majoritairement souffert de signes généraux et plus particulièrement d’asthénie pour plus de deux tiers d’entre eux (et plus de 80% des cas confirmés), de courbatures et d’agueusie ou d’anosmie dans près de la moitié des cas, et pour près d’un quart de troubles digestifs (diarrhée ou douleurs abdominales). En considérant uniquement les cas confirmés, ces résultats sont relativement comparables à ceux retrouvés dans d’autres études en population générale basées sur des symptômes auto-déclarés lors de la première vague épidémique de 2020, excepté pour la présence de fièvre et de troubles digestifs. Ainsi, dans l’étude transversale italienne Epicovid19, 62% des personnes testées positives au Covid-19 avaient rapporté avoir souffert de myalgie, 59% de troubles du goût ou de l’odorat, 54% de toux et 52% de fièvre et près de 45% de troubles digestifs divers 9. Dans une méta-analyse portant sur 24 études réalisées, à la suite de la première vague épidémique, des prévalences inférieures avaient été retrouvées pour la survenue d’anosmie et d’agueusie avec des taux respectivement de 41,0% (intervalle de confiance à 95% (IC95%): [28,5-53,9]) et 38,2% (IC95%: [24,0-53,6]) 10. Dans notre étude, plus de 3% des malades ont rapporté la présence de signes cutanés et près de 2% des problèmes oculaires, proportions probablement sous-déclarés car ces signes n’étaient pas cités dans le questionnaire d’enquête. En ce qui concerne les symptômes cutanés et la Covid-19, une revue de la littérature a mis en avant la survenue de symptômes principalement à type de pseudo-engelure, d’éruptions érythémateuses, vésiculaires ou urticariennes touchant majoritairement des patients jeunes ou d’âge moyen 11.

Dans l’étude Epicovid19, 18% des patients ayant eu un test positif pour la Covid-19 auraient déclaré avoir souffert de conjonctivite 9. Chez les cas confirmés, près de 5% étaient asymptomatiques, majoritairement les moins de 15 ans. Ce taux était de 6% chez les patients testés positifs de l’étude Epicovid19 9.

Dans notre étude, près de 15% des cas de Covid-19 et plus de 20% des cas confirmés ont été hospitalisés et parmi eux près d’un tiers a été admis en réanimation. Ces proportions sont difficilement interprétables en raison d’une mauvaise évaluation du nombre de cas réel à cette période. Néanmoins, le pic des hospitalisations a été plus élevé lors de la première vague que lors des trois suivantes 12. Le taux d’hospitalisation calculé dans notre étude est supérieur à celui estimé dans une étude basée sur les données rapportées dans le système de surveillance européen (TESSy) 13. Notre taux d’hospitalisation est ainsi probablement surestimé en raison des critères d’inclusion retenus (sélection des foyers avec au moins un cas confirmé), il n’est donc pas représentatif de la population générale.

Au niveau du risque d’hospitalisation à la suite d’une infection par le virus de la Covid-19, l’analyse multivariée a permis de mettre en évidence un certain nombre de facteurs de risque d’ores et déjà identifiés dans la littérature, tels que l’âge, le fait d’avoir présenté des signes de dégradation de l’état général, le fait d’être un homme, ou d’avoir une comorbidité tels que l’obésité ou le diabète, mais également d’avoir présenté pendant la maladie des signes digestifs ou respiratoires 14. En revanche, le tabagisme semblait être un facteur protecteur dans l’analyse univariée. Dans une revue de la littérature portant sur les facteurs de risque des Covid-19 sévères, il a été établi que le tabagisme n’était pas un facteur protecteur mais au contraire un facteur aggravant en s’appuyant notamment sur une méta-analyse montrant un risque relatif (RR) de 1,8 [1,14-2,85] pour les fumeurs actifs 14.

Concernant le risque d’être hospitalisé dans un service de soins critiques, c’est l’âge qui dans notre étude présentait la plus forte association en particulier chez les 65-74 ans. Ce risque étant moins important pour les 75 ans et plus pour qui une admission en services de soins critiques était moins privilégiée. Le fait d’être un homme montrait également un risque important (plus de 4 fois plus important que les femmes) suivi par des signes d’aggravation de la maladie, la présence d’antécédents médicaux à risque mais également la présence de signes respiratoires au cours de la maladie de la Covid-19.

En ce qui concerne la survenue d’une anosmie et ou d’une agueusie, l’analyse multivariée a montré que l’âge jouait un rôle, la prévalence ayant tendance à diminuer avec l’âge comme cela avait déjà était identifié dans la littérature 10,15. Les femmes ont également été plus touchées que les hommes. Ce résultat a également été retrouvé dans plusieurs études en France et en Europe 15,16. Une association persistait avec la présence de signes respiratoires et digestifs pendant la maladie. Dans l’étude européenne, seules des associations ont été retrouvées avec la fièvre et la présence de comorbidités. En revanche, le fait d’être hospitalisé, donc de présenter une forme grave de la maladie, n’était pas associée à la survenue d’une anosmie et ou d’une agueusie. Dans la littérature, certaines études ont d’ailleurs plutôt mis en évidence une association de ces symptômes avec des formes légères à modérées de la Covid-19 et rarement chez des personnes hospitalisées 15,16.

Le taux d’attaque secondaire moyen estimé dans notre étude était de 32,3% soit un taux élevé par rapport à celui rapporté dans une méta-analyse sur la transmission secondaire intra-foyer réalisée en octobre 2020 (16,6% [14,0-19,3]) 17. Toutefois, certaines études réalisées au début de la pandémie rapportaient une transmission secondaire proche voire supérieure à celle estimée dans Score 19, allant de 32,4% à 37% 18,19. Pour l’estimation du TAS dans notre étude, nous avons limité notre analyse aux foyers de 3 à 5 individus, et considéré l’ensemble des cas (confirmés, probables et possibles) survenus secondairement dans le foyer, et non uniquement les cas confirmés biologiquement ; ce qui pourrait expliquer en partie cette différence comme cela est mis en évidence dans l’étude de Lopez Bernal et coll. 19 avec un TAS variant de 16% à 43% selon la définition des cas secondaires. Notre période d’étude comprenait la totalité de la période du premier confinement, lorsque la capacité de tests pour la recherche de SARS-CoV-2 était limitée. Ainsi, en dehors de signes cliniques graves ou de comorbidités, les individus ne se faisaient pas tester systématiquement, sous-estimant ainsi l’ampleur de la première vague. C’est pourquoi, nous avons choisi de prendre en compte l’ensemble des cas dans l’étude des facteurs associés à la transmission du virus dans les foyers. Ainsi, nos résultats indiquent une transmission secondaire dans les foyers relativement élevée, probablement proche de ce qui s’est réellement passé lors de cette période particulière. Cependant, cette estimation peut être en outre surestimée en raison de la sensibilité de nos définitions de cas, de la méthode d’identification du cas index dans chaque foyer (non prise en compte du délai), et les biais de réponse lors de l’enquête (i.e un enquêté pouvant répondre pour l’ensemble des membres du foyer).

L’analyse multivariée a mis en évidence la présence de signes digestifs ou respiratoires du cas index comme facteur favorisant la transmission secondaire dans les foyers avec une association plus élevée en présence de signes digestifs. La présence de signes cliniques chez le cas index est rapportée comme étant un facteur de transmission secondaire dans la littérature, notamment la présence de signes respiratoires de type toux 17,18. La présence de signes digestifs chez les cas index a été peu étudiée comme facteur pouvant favoriser la transmission secondaire. Néanmoins les quelques études portant sur ce facteur ont également mis en évidence des risques élevés (OR=4,10 [1,08-15,60] et incidence risque ratio (IRR)=6,6 [2,9-15,2]) 20,21.

Les facteurs limitant la transmission secondaire dans les foyers de notre étude étaient uniquement l’isolement du cas index et le respect de la distanciation sociale comme cela a été démontré dans plusieurs études 17,20,22. Dans notre étude, le port du masque par le cas index n’était pas associé à une moindre transmission intra-foyer dans l’analyse multivariée. Ce résultat est probablement biaisé par la faible disponibilité de masques lors de la première vague épidémique. En Nouvelle-Aquitaine, l’ARS proposait des masques à chaque cas ayant fait l’objet d’une confirmation biologique, néanmoins il a été rapporté dans le premier volet de cette étude 4 que certains foyers n’avaient pas de masques, ou pas suffisamment et ne pouvaient pas respecter cette mesure. L’absence d’association entre le port du masque et la transmission intra-foyer reflète aussi probablement la difficulté du respect de cette recommandation pendant toute la période d’infectiosité au sein du foyer familial.

En cohérence avec les résultats de plusieurs études, ni l’âge ni le sexe du cas index n’étaient également associés au risque de transmission intra-foyer 16,17,18. De même, la composition du foyer (nombre d’individus, présence d’enfants ou de personne avec comorbidités) et les caractéristiques de l’habitat n’étaient pas associés avec une transmission du virus intra-foyer. Dans notre étude, le respect des mesures barrières par les autres membres du foyer n’a pas pu être prise en compte dans nos analyses.

Notre étude confirme que le foyer familial est un environnement à risque de transmission du virus avec un taux de transmission secondaire élevé, d’autant plus dans une période où les masques et les gels hydroalcooliques faisaient défaut. Lors de la première vague épidémique, incluant une période de confinement total dans les foyers, cette transmission était d’autant plus élevée en présence de signes digestifs du cas index et lorsque les mesures d’isolement du cas index n’étaient pas effectives. Cette étude rappelle donc l’intérêt des mesures de distanciation sociale, voire d’isolement, du cas index au sein du foyer et du respect des mesures d’hygiène en présence de signes cliniques digestifs ou respiratoires pour limiter la transmission secondaire.

Remerciements

Nous tenons à remercier l’ensemble des étudiants du call center de l’Agence régionale de santé (ARS) Nouvelle-Aquitaine pour leur contribution à la réalisation de l’enquête, les internes de santé publique superviseurs et Jean-Marc Beauvieux pour sa contribution dans l’organisation de cette enquête. Nous remercions Michel Laforcade, Hélène Junqa et Benoît Elleboode de la direction de l’ARS Nouvelle-Aquitaine pour leur soutien à la mise en œuvre de cette étude ; Hélène Maïzi, pour sa contribution dans la réalisation des enquêtes et la saisie des données, ainsi que Martine Casseron pour la saisie des données ; Bertrand Dubois (ARS Nouvelle-Aquitaine) et Clothilde Hachin (Santé publique France) pour les aspects réglementaires.

Liens d’intérêt

Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêt au regard du contenu de l’article.

Références

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Citer cet article

Gault G, Evain S, Herteau A, Siguier A, Vilain P, Trouvain K, et al. Première vague épidémique de SARS-CoV-2 en Nouvelle-Aquitaine : facteurs associés à la gravité, à l’anosmie et/ou l’agueusie et à la transmission intra-foyer, mars-avril 2020. Bull Épidémiol Hebd. 2023;(6):106-18. http://beh.santepubliquefrance.fr/beh/2023/6/2023_6_2.html